Одним из важнейших направлений деятельности экспедиции является консервация и реставрация артефактов, обнаруженных в ходе археологических работ, прежде всего деревянных антропоморфных гробов, текстильных изделий, картонажей, ювелирных украшений и т.д.
Сотрудники Феномен участвуют в полевой консервации посезонно. Таким образом, уже было проведено более 10 сезонов, в течение которых удалось провести первичную обработку большого массива текстильных находок. Благодаря этому стало возможным проводить исследования на более высоком уровне.
Хотя полевая консервация не подразумевает полноценной реставрации, в условиях невозможности вывоза предметов на реставрацию в лабораторию, реставраторы по мере возможностей проводят полный комплекс реставрационных работ. Во время сезонных работ было отреставрировано несколько коптских комплексов, наиболее сохранившиеся фрагменты текстильных изделий, коллекция головных уборов.
Наличие профессиональных реставраторов в составе экспедиции позволяет получать более полную информацию о памятнике и сохранять артефакты для последующих исследований.